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上海交通大学新华临床医学院前身系上海第二医学院儿科系。该系于1958年整体迁入新华医院，首任系主任由我国儿科泰斗高镜朗先生担任。2010年，新华医院率先在上海交通大学医学院系统内实施“大教育”管理模式，将研究生培养、毕业后医学教育、继续医学教育归口至新华临床医学院。

学院设有本科/长学制教学办公室、学生工作办公室、研究生管理办公室、毕业后医学教育办公室、继续医学教育办公室，现任院长由新华医院孙锟院长兼任，现有专职管理人员14名。

学院现有内、外、妇、儿等19个教研室/组，承担临床医学五年制（含儿科方向）、临床医学八年制（儿科学课程）、营养学、成人教育临床医学专业专升本等教学任务。有博士点15个、硕士点18个；博士研究生导师79名，硕士研究生导师126名；通过美国心脏协会（AHA）认证的基础/高级生命支持导师13名。学院每学年开设70余门课程，完成4500以上教学课时数。每年有超过1000名本科及长学制、研究生、规培生在读或在培，同时还承担了徐州医科大学、苏州大学医学部、浙江中医药大学、上海健康医学院等院校学生的实习教学任务。每年举办国家级继续医学教育项目60余项，每年学员总数超过4000名。

学院是上海交通大学医学院“临床医学八年制、八年制硕博班实习基地”。儿科学是上海交通大学医学院唯一的市级专业学位研究生示范实践基地。急诊医学是上海交通大学医学院的专业学位研究生实践基地。现有国家级住院医师规范化培训基地15个，上海市专科医师规范化培训基地39个。学院一贯重视师资队伍建设和课程建设，拥有一支学术造诣深、教学水平高的教师队伍，现有国家级及市级精品课程、市级全英语课程共11项。

六十余载栉风沐雨，新华人筚路蓝缕；六十余载沧桑更迭，新华人孜孜以求。学院始终坚持教为主导、学为主体的办学理念，在传授知识、启迪智慧、培养能力的同时，还重视开展各类内涵丰富的第二课堂主题活动，为提升学生人文素养、促进学生全面发展做出了积极的贡献。